奉旨来见朱由检，文武百官也都在场，自称庶民，朱由检故意找茬，谴责看不上他的封赏，却情愿让皇太极(周帅 饰)封侯加爵，朱由检让六部尚书和各级言官，一一列举的罪行，他们分别对口诛笔伐，温体仁(曹征 饰)搬出范文程(李解 饰)诬陷的密信，他始终一言不发，朱由检把百官打发走，单独把留下来，反复声明自己问心无愧，恳请朱由检杀了他，就可以平息天下众怒，以保大明江山稳固，朱由检痛心疾首，他很清楚所做的一切都是为了朝廷，可不得不杀了他，觉得自己死不足惜，恳请朱由检下决心扫荡积弊，破旧立新，否则皇太极围京之祸会再次重现。
文武百官一起跪请朱由检，赐死，朱由检权衡再三，做出了最后决定，这是一个艰难的选择，也是的选择。梁廷栋除掉了一切障碍，可他一点也高兴不起来，脑海中闪现出孙灵汐(王媛可 饰)对他的失望，香莲的苦苦哀求，的铮铮豪言，以及孙承宗(廖京生 饰)的谆谆教诲，温体仁提醒梁廷栋不要有妇人之仁，如果想坐稳内阁首辅，就要有一颗铁石心肠，还给他大讲为官之道。
程本直(刘屹宸 饰)来诏狱陪下棋，并向他汇报了此行一无所获，根本没有找到那个世外高人，程本直一直想不通，为何毛文龙(王建新 饰)的账册公布于众，发现京中百官和天下的巡抚都在这本账册之中，他害怕绝望了，那时候就知道自己五年平辽的计划会遥遥无期，声明之所以把皇太极引到京师大战，就是想让朱由检清楚贪腐的危害，让百官警醒，激起百姓保护家园的斗志，大家一起同仇敌忾和皇太极的部队决战，可事与愿违，程本直替他不值，大明已经腐朽到根基，却要以己之命来警醒世人，可他心甘情愿，无怨无悔，程本直苦苦恳求为了辽东的将士们也要活下来，他想出一个计划，可以保重返辽东，可心意已决，程本直也只好作罢。
梁廷栋主动来找孙承宗，恳求孙灵汐和他一起回家，梁廷栋发誓会竭尽全力把救出来，他想出一个办法。孙灵汐到处找程本直，想让他按照梁廷栋的主意帮忙救出，最后在酒馆找到了程本直，可他借酒浇愁，喝得醉醺醺的，口中反复念叨道长留下的四个字“因清而清”，孙灵汐只好先带胡三离开。
朱由检商量补充内阁的人选，百官举荐梁廷栋入内阁，朱由检当场答应他入内阁。身陷囹圄，还写信给祖大寿(艾东 饰)，反复叮嘱他不要擅自行动，要遵从皇上调令，否则会让关宁军万劫不复，祖大寿和谢尚政(王放 饰)无奈，只好照办。吴三桂(于战江 饰)接到消息，朱由检要把凌迟处死，他立刻来向祖大寿汇报，谢尚政发誓要带将士们杀回去，为报仇，祖大寿也想为报仇，可他时刻记着的嘱托，保住关宁军，守住辽东，不想让死不瞑目，谢尚政不甘心，他脱下盔甲，头也不回地离开了关宁军，祖大寿伤心地嚎啕大哭。
梁廷栋出主意让孙灵汐去找程本直，让关宁军三日以后配合行动，梁廷栋负责支开诏狱的看守，让他们劫狱救人，并且答应事成之后让孙灵汐和远走高飞，谢尚政也来参加行动，孙灵汐，胡三和小兰一起来参加。卲千户答应帮了却心愿，当初杨涟就留给他一封绝命书，可向清清白白地离开，他决定慷慨赴死。孙灵汐和谢尚政等人杀掉了镇抚司的锦衣卫，顺利来到诏狱救，断定她们是被人设了圈套，坚决不许他们砸门，可孙灵汐坚持要和共进退，当场跪下恳求他们，他不想连累私下里和谢尚政他们。